1937年3月,兩萬紅軍戰士在祁連山全軍覆沒,大批女兵被奸殺和淪為乞丐,只有四百餘人突圍逃到烏魯木齊,史稱西路軍慘敗。西路軍慘敗是由於執行了張國燾的“逃跑主義”和“分裂主義”路線。源於毛澤東的定性,其實西路軍將領是嚴格按軍委的電報指示指揮軍隊行動的。而當時軍委核心成員是毛澤東和周恩來。
1936年12月,延安開始清算張國燾的錯誤,張國燾被迫做檢查,他的老部下除了許世友和部份將領,其餘人均被關的關殺的殺土崩瓦解。而以張國燾為目標的整人運動一直持續了兩年多。1937年3月23日至31日,召開政治局擴大會議。會議後期研究處理張國燾問題,系統批判張國燾“反黨”、“另立中央”等嚴重錯誤,通過了《中央政治局關於張國燾同志錯誤的決定》。
決定中寫道:“從退出川陝蘇區到成立第二中央為止是右傾機會主義的退卻路線與軍閥主義登峰造極的時期。”“張國燾同志的南下行動,不但在反黨、反中央、分裂紅軍上看來是根本錯誤的,而且南下行動本身也是完全失敗的。”在談到西路軍問題時作出結論:“西路軍向甘北前進與西路軍失敗的主要原因,是由於沒有克服張國燾路線。”會議撤銷張國燾中央委員會、軍委主席團成員、軍委副主席、紅軍總政委職務。分配他出任陝甘寧邊區政府副主席,在林伯渠主席在外執行任務時代理主席職務。徹底削掉了他的兵權。
1937年12月,毛澤東接見李先念等西路軍領導人時說:“紅西路軍的失敗,主要是張國燾機會主義錯誤的結果,他不執行中央的確定路線,他懼怕國民黨反動派巨大力量,又害怕日本帝國主義,不經過中央,將隊伍偷偷地度過黃河,企圖到西北求得安全,搞塊地盤成王稱霸,好向中央鬧獨立。這種錯誤路線是註定要失敗的。”毛澤東的談話在全軍傳達後,特別在紅四方面軍高級幹部中引起強烈反應,牴觸情緒很大。
1983年2月,李先念在中共軍委支援下,組織歷史研究人員查閱了當年有關西路軍檔案,主持起草了《關於西路軍歷史上幾個問題的說明》。其中寫道:“西路軍執行的任務是中央決定的。西路軍自始至終都在中央軍委領導之下,重要軍事行動也是中央軍委指示或中央軍委同意的。”鄧小平看了李先念的《說明》和陳雲的表態信後,於1983年3月22日批示:贊成這個說明,同意全件封檔。
甘肅省蘭州西路軍研究會組織大批歷史研究人員,到中央檔案館,查閱紅四方面軍渡河前後以及改稱西路軍西征河西時期,毛澤東及中央軍委領導人有關西路軍的電報230餘件。其中張國燾署名的24件文獻顯示,西路軍的組成,與中共中央關於打通國際路線的決策緊密聯繫在一起,與張國燾的分裂路線沒有關係。
在這批電文中,張國燾單獨署名的電報有兩件。一件是1937年1月8日發出的。1月7日,軍委主席團致電西路軍,命令西路軍暫勿西進,暫在原地休整,要依靠自己團結奮鬥,不要依靠外來力量。第二天,張國燾發電給西路軍,電文說:“軍委對西路軍的指示是一貫正確的,對西路軍是充分注意到的……如果還有因為過去認為中央路線不正確,而殘留著對領導的懷疑,是不應該有的。”3月4日,張國燾致電西路軍領導人批評說:“你們上次來電談到你們所受的損失,應由軍委負責,那是錯誤的。”“希望你們堅決擁護中央,在中央領導下,團結得像一個人一樣,克服困難,戰勝敵人。”
徐向前後來在回憶錄中對失敗的原因作了多方面分析:西路軍擔負的任務飄忽不定,變化多端,大大超出應有限度,這是導致失利的根本原因。西路軍孤軍深入馬軍腹地,且曠日持久,進不能進,退不能退,左右迴旋不好迴旋,企圖援應沒有援應,喪失了作戰主動權。戰場指揮上級統得過死,沒有給戰場最高指揮官以應有的自由權;西路軍一把手陳昌浩的責任只是在於,由於擔心再犯“路線錯誤”,未能及時反抗中央軍委的“瞎指揮”,而是逆來順受、惟命令是聽,從而遭到以驃悍的回民為主體的“馬家軍”的圍殲。中央軍委要求在河西走廊建立根據地,缺乏起碼的客觀條件,這個地方一無好的地形,二無群眾基礎,更談不上武器彈藥的接濟,一個狹長的地帶,四周是荒漠,根本無法建立根據地。
西路軍敗局已定後毛澤東組成援西軍,下轄五個軍卻又密令援西軍不能損失部隊,馬軍不同意不能過河。徐向前回憶說:“如果我們一鼓作氣前進,不是打打停停,轉來轉去,在河西走廊停20天,後到永昌停40天,錯過良好戰機,而且照直攻擊,扣住嘉峪關,把玉門、安石、敦煌守住,接通新疆”、“取得補充、立住腳跟,再往回打,是不致於失敗的,至少也不會敗得那樣慘。”