1969年10月18日，黃永勝同志向全軍發佈“林副主席的一號命令”--戰備疏散，劉少奇鼻孔插著飼管，喉頭裡伸著吸痰器，護士用棉簽蘸上紫藥水，在一張報紙上寫了幾個大字，“中央決定把你轉移到另一個地方”。劉少奇扭臉不看，護士移到另一邊，他再次扭臉。此時，劉早已失去生活自理能力，長期臥床未經清洗滿身惡臭，臉埋沒在長亂頭髮鬍子中，骨瘦如柴渾身都是傷痛。
臨出發時看護人員將他衣服剝去，裹在一床粉紅色緞面被裡，外面蒙上白色床單。晚上7時，劉少奇被飛機運往河南開封，隨即被投入了監獄。劉少奇赤裸身體在飛行上受了風寒，到開封後感染急性肺炎，然而此時已經沒人理會他了。11月13日清晨，當劉的衛士長到來的時候，劉少奇已經停止了呼吸。劉少奇死時渾身赤裸，蓬亂白髮一尺多長，嘴鼻變形下頜淤血。1969年11月14日深夜，劉少奇遺體被抬上“六九”型吉普車拉走火化，由於車太短劉雙腳露在車外。15日零時被燒掉，劉少奇火化單上寫著，姓名：劉衛皇；職業：無業；死因：病死；簽的是他兒子劉源的名字。
2009年，劉源在其發表的《我的父親劉少奇》一書中，將毛澤東和劉少奇共同演出的歷史大戲歸結為三幕：第一幕是“政治大革命”，即共產黨奪取政權改造社會，毛劉親密無間；第二幕是“經濟大革命”，即“大躍進”毛劉分歧；第三幕是“文化大革命”毛劉分裂。劉源說，“毛澤東的悲劇，緣於不能糾正錯誤。劉少奇的悲劇，來自不怕堅持真理。這一幕隨毛劉共同的大悲劇而告終”。劉源認為他父親的錯誤有兩件，第一件是“大躍進”，以及之後三年的調整不力。第二件是“文化大革命”，他從一開始就“很不理解，很不認真，很不得力”，很快又開始抵制但收效甚微。劉源的這些話說得很有意思，除了將毛劉分成“三幕”，形容得比較形象外，其餘基本都是水份了。毛澤東發動文化大革命就是針對劉少奇，因為劉少奇通過“大躍進”糾偏，奪了毛澤東的權。“大躍進”後的三年調整劉少奇工作出色，挽救了國家經濟根本談不上不力，而且事實正好相反應該說很有成績。至於文化大革命所謂劉少奇“很不理解不認真之說”則完全談不上，因為他當時早已失去自由，每天被拳打腳踢挨批鬥談不上抵制於否。
劉少奇所以能夠爬上中共權力的巔峰，完全得益於他與毛澤東的合作。正是通過樹立毛澤東思想，他與毛成為了親密戰友，所以張國燾說，“劉少奇是毛澤東的‘功狗’。”劉少奇的一生用一句話就可以概括，即所謂“成也毛澤東，敗也毛澤東”。他因毛澤東得以在中共黨內飛黃騰達，並且曾經取代毛當了國家最高領導，走向人生和政治生涯的巔峰。有人說劉少奇創造了“毛澤東思想”，其實此言並不準確，首先提出“毛澤東思想”概念的是鄧拓，劉少奇最大的貢獻在於，他在黨內系統地樹立了“毛澤東思想”，這是他最大的政治資本。他一旦放棄了自己最大的政治本錢，也就等於失去了一切，甚至包括他和家人的生命，但這一切都是早有跡象的。
60年代初，毛澤東因“大躍進”的錯誤被逼退居二線，這大概是毛在中央蘇區被貶，直到紅軍長征召開遵義會議，他再度擔任政委後的第二次。劉少奇眾望所歸地接手毛留下的爛攤子，劉主席滿面春風志得意滿，說起話來有些口無遮攔，甚至連腔調都變了。他說，“七大以前，沒有樹立毛主席的絕對權威，就拼命樹。七大以後，覺得不提大家也知道了，就不樹了。”他當上國家主席的第二天，套紅的《人民日報》刊登了劉少奇的照片，他和毛澤東的照片並排在第一版。照片上的劉主席帶著那種成功者才有的微笑，可他忘了旁邊還有一張同樣微笑的照片。那位的笑不是成功者的那種，而是嘲笑失敗者的另一類，仿佛在說“你就快完了！”
在1945年4月23日至6月11日，中國共產黨第七次全國代表大會上，劉做了《關於修改黨章的報告》，提議把“毛澤東思想”寫進黨章，作為今後指導的一切工作的指標，還將毛澤東思想上升到，與馬克思列寧主義同等的地位，將理解執行毛澤東思想，作為中共黨員必須履行的義務。1945年4月20日，中央通過《關於若干歷史問題的決議》，主要是讚揚毛澤東親密戰友劉少奇的功績。如此劉少奇成為毛最信任的助手，並在後來的黨章中將其定為接班人。劉少奇作修改黨章的報告中，頌揚毛澤東不下百次，為了詳細解釋“毛澤東思想”，他在报告中多次離題，用實例給眾人去講解，而且聲音高亢表情激動動作有力。
最後，他竭盡全力聲音嘶啞地喊出，“我們偉大領袖毛澤東已經用他的思想，把我們全民族的思想提高到一個前所未有的高度，這就是毛澤東思想！”如此算是為報告做了總結。毛澤東此後自然對劉少奇感激，並且長期視他為親信大力提拔。毛曾多次說：“經過延安整風，我結識了幾個親密的朋友。有劉少奇，陳伯達，胡喬木，高崗，陸定一，彭真，還有周揚。”劉少奇可是排在最前面的，他在黨內權力地位迅速上升，成為僅次於毛的第二把手。英國元帥蒙哥馬利訪華時，問到毛的接班人問題。毛說：“很清楚是劉少奇。他是我們黨的第一副主席，我死後就是他。”
建國後毛澤東和劉少奇也不是沒有分歧，事實上兩人在很多政策上想法差別很大，當時毛想通過高崗來敲打劉少奇。高崗得益於他在東北執行社會主義改造，從而坐直升機進了中央。1953年9月到10月間，中共中央召開第二次全國組織工作會議。毛澤東指示說這次會議要對組織工作進行檢討，而且指定劉少奇在會上作自我批評。饒漱石根據毛澤東的指示安排，中共東北局第二副書記張秀山發言，讓他對組織工作提出些批評。事實上在1953年10月13日，張秀山向毛澤東彙報過會議發言內容，主要是中組部在對共產黨員可否剝削，這樣的大問題上有過動搖。張秀山對安子文的思想方法有所批評，實際上是說劉少奇的。毛當場表示支持張，“我支持你的意見你可以去講，但有些問題是屬於少奇同志的，少奇同志會作自我批評的。”
問題是高崗的黨內鬥爭水準實在太差，劉少奇看到毛讓高打壓他，就通過親信安子文草擬了一份，未來中共中央政治局委員，還有中央部會領導名單，這個單子實際上是劉根據毛的意思，自己私下裡讓安子文草擬的，然後故意讓他輾轉透露給高崗。高看了名單後以為毛要讓他搞劉自己取而代之，因此找陳雲等人準備搞劉的黑材料，還把這個名單擴散了出去，最後高崗下臺就死在這份名單上。他變相將毛準備敲打劉的計畫公諸於眾，最後毛權衡利弊還是選擇了劉少奇，不得已之下只能將高崗拿掉。谁知道高还受不住委曲自杀了，弄得毛被搞得相当被动，对刘少奇自然也无发下手了。
毛對經濟方面一竅不通，想通過社會科學經驗，領導所謂“大躍進”濟建設，其實毛很大程度也是受了劉少奇的誤導。劉任命的地方大員多數是實幹派，總體素質普遍比較差，只知道惟劉馬首是瞻，沒有什麼領導經濟的知識經驗。只會胡亂蠻幹瞎指揮，謊報成績產量放衛星，結果自然是搞得一蹋糊塗。但劉在毛面前卻強調成績突出不能再好，而且完全走的是毛的群眾路線，因此取得了前無古人的驚人成就，毛完全被他牽著鼻子走。“大躍進”失敗劉要負主要責任，最後導致大量人口非正常死亡。毛當時也發覺到“大躍進”中發生不少問題，所以召開廬山會議總結經驗打算收旗，所謂“白天出氣，晚上看戲”本意是糾左的。彭德懷卻在此時不合時宜“為民請命”，自古軍人干政總不會有好下場，彭就是典型的軍人涉政，結果毛將“糾左”變成“反右”，為“大躍進”做了總結。
劉少奇利用批判彭德懷轉移視線，將自己的責任推個乾淨，“人有多大膽，地有多大產”最早是他喊響的。毛打掉彭德懷自然在黨政軍民中都不得人心，劉順勢向毛反戈一擊，將責任全部推到毛身上，以便自己取而代之，他讓使彭真在七千人大會上，居然鼓動代表向毛進攻。劉少奇所以此時敢冒天下之大不諱，取決於此時他手上的資本，而且機不可失毛已眾叛親離，劉少奇勝券在握。黨內政經地方大員中陳雲，彭真，陸定一，鄧小平，薄一波，楊尚昆都站在他這邊。軍隊方面是賀龍和羅瑞卿，國務院周恩來也對“大躍進”反感。各方壓力之下毛也只能全部承擔責任。不過通過廬山會議批彭，以及接下來發生的系列事件，毛總算看清了劉少奇的本來面目，原來身邊還真有個“赫魯暁夫”，毛澤東於是下決心將劉少奇搞掉。
一九六五年夏天，戴高樂派特使瑪律洛訪華，與毛澤東會見時又談到接班人問題。毛澤東的口風已經變了，他說：“象戴高樂和我這樣的人是沒有接班人的。”劉少奇按封建社會的講法，就是毛設立的王儲，中國幾千年的歷史證明，皇帝有生之年過早立王儲必是惑亂國家，毛雖熟讀中國歷史卻身在山中。劉借三年自然災害提出“問題講透，成績講夠”，然後突然話鋒一轉，打出所謂“三分天災，七分人禍”的牌，對毛搞了突然襲擊。劉長期都以毛的黨內代言人的身份出現，替毛主管黨務政務的具體工作。毛對他一直比較信任，所謂“三天不學習，趕不上劉少奇”。
出乎意料毛發現劉其實能量很大，他竟然完全沒有還擊之力。各省省委書記都是劉任命的，省部委各級領導班子，都有劉經營很久的勢力，整個黨務政務行政系統都是劉的管辖範圍，毛的指令即便傳達到下面，也不能順利執行。劉控制黨政系統多年，很多毛的指示中途就被截留，或者拖延扯皮走個形式，根本談不上執行，毛其實早就被架空了。當時，毛甚至在黨內到了孤家寡人的地步，連鄧小平這樣毛多年的愛將，居然也開始反對他，走到劉副主席那邊去了。毛只得以退為進承認錯誤退居二線。把國民經濟的亂攤子索性交給劉，自己韜光養晦積蓄力量伺機反擊，他知道只要林彪把持的軍隊聽他的，那劉少奇就沒啥大不了。
待劉鄧周把三面紅旗大躍進，搞成的爛攤子收拾得差不多了，毛就以其人之道還其人之身，大搞突然襲擊發動“文化大革命”，首要目的就是奪回權力，把劉少奇的勢力徹底打倒。毛所倚靠的是他的威望這也拜劉所賜，更主要的還是林控制的軍隊。在中國搞政治最重要的就是軍隊，劉的想法太幼稚以為控制了黨政系統，毛就不敢拿他怎麼樣。他也不看看對手是誰，毛事實上根本就沒想從黨政方面入手，出奇謀從文化教育層面開刀，讓劉少奇防不勝防。毛發動文化大革命就是要打倒劉少奇，此次毛親自擔任總司令，具體行動的執行者是周恩來，林彪，江青和葉劍英。周雖然在“大躍進”中與毛有矛盾，但是對劉手下人的瞎胡鬧也很反感。忌憚于毛在整個“大躍進”中走在前臺，毛連對他“離右派只有五十米”的話都說了，周雖然心裡對彭德懷的意見贊同，實在也不好有什麼表示。
現在，毛主動向周表露要搞掉劉，周毫不猶豫地沖在前面。況且，周恩來與劉少奇新仇舊恨，當年“紅旗黨”差點沒把周整成张国焘，現在他終於等到了機會，所以周在批劉行動中，表現得異常積極和興奮。毛首先是清理外围，製造了彭真，羅瑞卿，陸定一，楊尚昆反黨集團，將劉的主要助手幫兇全部打掉。還迫使劉少奇鄧小平主持批判工作，負責給這些人定罪自取其辱，讓其在黨內顏面盡失。然後，在北京成立首都安全工作小組，這一步驟非常關鍵，小組長由毛點將，十大元帥中老末，葉劍英元帥擔任。小組其他成員則由周恩來提名，並報請毛批准由周恩來領導，並且直接聽命于毛。葉劍英本就有當年四方面軍電報之功，雖然建國後主持過地方工作不算得志，但毛對他還是信任的，而且他也是周的人，現在既然被毛周點將，自然是盡心盡力。況且，劉少奇雖然擔任過新四軍政委，他本身在軍隊裡沒勢力，葉與劉也無太大交往。
劉少奇畢竟是個文人，大躍進後三年他領導經濟工作卓然有效，劉主席在黨內聲譽隆起，況且他長年控制了中共的黨務政務系統，地方大員都是他任命的親信。更重要的是他以為周恩來也站在他這邊，國務院下屬各部委國企等於也受他管控，如此劉少奇以為已經控制了國家機器的運作，毛退居二線又能對他如何。所以，此時他志得意滿打算進一步擴充勢力，讓老婆王光美搞了個“桃園經驗”，準備借“四清”把農村基層幹部，全部換成忠於劉主席的人。客觀上說劉少奇雖然後來是文化大革命最早的受害者，但文革中的很多事情根源還是來自於他，實際上他也是文革的始作俑者。
從發動“大躍進”到文革他被迫害致死，其实在很多方面刘少奇都起了相当壞的作用。劉少奇為了讓最可靠的人幫他抓“四清”材料，在黨內首創夫人干政的先例，派他老婆搞了所謂“桃源經驗”，所以文革開始毛也讓夫人江青走到前臺，畢竟還是自家人可靠。所謂“桃園經驗”就是通過發動群眾劃分階級，最後通過體罰批鬥逼供，搞黑材料等手段，殘酷鬥爭無情打擊搞奪權，這都是劉總結出來的經驗。毛在文革中以其人之道還至其人之身，这些所谓经验在文革中，不知道害死了多少人，劉最後就死在他自己總結的經驗上。
首都安全工作小組為何建立，具體負責什麼工作的？小組負責的是首都安全，北京所有軍隊警察歸小組領導，而且調度上還特意安排個元帥。劉主席已經成為甕中之鼈了，雖然他本人根本沒察覺到。毛此時居然出京半年之久，到全國各地觀山閱水，目的是麻痹對手，周將駐守北京的衛戍部隊，以拉練的名義調得个七零八落，等周恩來將“安全問題”解決，毛回京主持打倒劉少奇的工作。毛讓林將38軍調到北京接管所有媒體戒嚴後，劉少奇也只能束手就擒。在文革剛開始的那段日子，劉還想是和毛當面談清楚，老在毛居處附近故意來回走，可毛就是不見他。最後終於見了一次面，劉說的第一句話居然是，“我辭去《毛澤東選集》編委主任這一職務……”毛低頭抽煙一言不發，意思是你直到現在還不求饒。
第二天，劉少奇就被上萬名紅衛兵小將，從中南海揪出去批鬥。他被打翻在地按住頭別住手，強行人群面前罰跪。劉文革被紅衛兵歐打時，手持一本《中華人民共和國憲法》，要求保留其最基本的公民權，其實就是向世人展示，憲法是國家根本大法，但是在中國別說憲法，就連王法也沒有。毛甚至公開講他就是和尚打傘---無法無天。這還是剛開始此後批判不斷升級，他被革命小將多次揪鬥，打得遍體鱗傷失去知覺。他此時早已失去人生自由，批鬥期間只做一件事，那就是讀《毛澤東選集》，還是他負責選編的。他翻書時手抖得厲害，眼淚鼻涕不停地流，滴塗在書上也不去擦。
暗地裡劉其实什麼都明白了，1967年4月11日淩晨，王光美挨鬥回來說，“少奇！這是一場軍事政變。是的，反革命政變。一個人代替了黨中央，連政治局，政治局常委會議都不要了，不開了。他們動用親信部隊，要把天下的功臣統統殺盡。你是一個好丈夫好父親，但不是一個好的政治家。你總是怕、怕，總是讓、讓，才落得今天這一步……”。1967年7月劉對王說，“你一定想知道在1960，61兩年，我有機會也有能力把他請下臺。也有不少人暗示過我包括毛身邊的某些人，我卻考慮再三按兵不動。我這人總是顧全大局怕這怕那，怕黨分裂怕軍隊分裂怕引起內亂，怕外部敵人乘虛而入。國家太大八億人口非同兒戲。我也對他缺乏真正的認識。他那兩年裝得很謙遜，對我和小平，賀鬍子都是言聽計從，簡直是百依百順，還老淚縱橫作檢討”。
“認錯發誓不再過問黨和國家第一線的工作，只管一點軍事現在看來是我錯了，我被自己的修養耽誤了。要是那時候就把他請下來，對黨對軍隊對國家都有好處，要說我對黨對國家有罪，罪就在這裡。對蘇政策分歧更早一些。我不主張把關係搞那麼僵。獨立自主不做兄弟也可以做鄰居。他卻動不動提出不怕原子彈，可以死幾億人口。1958年那一次，他穿了游泳褲在游泳池邊接見赫魯雪夫，虧他想得出做得到。人家是一國總理總書記，究竟他侮辱了人家還是丟了自己的臉？1959年在廬山反彭德懷，我幫了忙講了許多違心的話。彭德懷是對的，他才是英雄我們不是。”
刘少奇虽然挨批斗，但他既不認錯也不低頭，就象他那次在毛面前那樣，就是心中不服那口氣，你毛之所以有今天靠誰？1968年10月5日，他挨完批鬥躺在地上半死不活，有人給他帶消息他大兒子死了。八屆十二中全會決意開除劉少奇出黨，會開完很久都沒對劉公佈，直等到11月24日，他70歲生日才對他公佈。此時劉少奇才算徹底清醒過來，他如此對抗下去不但他自己，而且全家都將和大儿子同樣下場。他終於托人帶話給毛，“你替我給主席捎句話，我離開北京和愛人孩子去延安種地。去老家也行，我願意做個普普通通的老百姓……”。可惜劉現在才明白過來，準備求饒認錯投降保命，問題是實在太晚了。
在毛面前劉少奇太幼稚了，以為掌握了國家機器，就等於控制了國家的運作。毛澤東是什麼人，搞掉一個劉少奇太簡單了，正如毛指著劉鼻子所說，“你有什麼了不起，我動一個小指頭，你就完了！”周恩來負責劉少奇的定罪工作，毛對周給劉少奇定的“內奸工賊叛徒”很滿意。當時周恩來要求槍斃劉少奇，但毛沒同意只許開除黨籍，讓劉暴露在全黨全軍全民之下受唾棄，使他成為文革反面教材。劉少奇1969年11月12日被迫害致死。毛澤東的口頭批示：“自作孽，不可活。”
林彪批示：“骨朽人間罵未銷，燒掉”。周恩來批示：“照林副主席說的辦，以火焚之”。
2010年7月20日，作為軍事科學院政委的劉源上將，親自為毛澤東的孫子毛新宇頒授少將軍銜。在授銜大會上劉源和毛新宇的合照耐人尋味，照片上“毛三代”又成為“劉二代”的部下。毛劉兩家人的照片又在一起了，劉上將你可要小心啊！
