1929年邱會作參加紅軍，親歷中央蘇區第一至五次反“圍剿”和兩萬五千里長征。遵義會議後，剛滿20歲的邱會作被任命為軍委四局三科科長，負責軍委直屬縱隊的行政事務，被周恩來稱為“娃娃科長”。據邱的回憶錄說毛澤東在長征途中不但和他這個“小興國佬”相識，而且還說，“我在你家的茶攤上喝過茶，知道你的爺爺、父親、母親都是村幹部，你和哥哥都當紅軍去了”。建政後邱會作曾任中共中央政治局委員、中國人民解放軍副總參謀長、總後勤部部長等職務，1955年被授予中將軍銜；1971年“九一三”事件後，淪為林彪反革命集團主犯之一，被開除黨籍、撤銷黨內外一切職務，判處16年有期徒刑2002年逝世。
邱會作回憶，他參加紅軍後不久，就到了紅三軍團團部當宣傳員。這時候，紅軍肅反殺“AB團”的風潮，開始蔓延到他所在的部隊，原本正常的生活被徹底打亂。“AB團”到底是個什麼組織？當時還是個孩子的邱會作根本不知道。但看到一些熟悉的人一夜之間成了“反革命”並喪了命，邱會作有點緊張。而且，處決“AB團”的刑場距離他們的住所也就10里路，每天都能看到有人被綁到那裡去執行死刑，那時候邱還是個小小的團宣傳員，沒有被組織審查，但卻被眼前發生的一幕幕慘劇嚇壞了。
一天，邱會作去給部隊買菜，忽然聽到凄厲的軍號聲，就趕快往住處走。走到河邊時已經戒嚴了，橋上不準過人，只見河灘上綁着幾個“犯人”，接着行刑者用大刀砍他們的腦袋。邱會作呆住了，因為前幾天傳來消息，說是介紹他入團現已調到省里當共青團巡視員的黑子也是“AB團”，這會不會牽連到自己呢？當晚邱會作就病了，後經人解釋，他參加的是共青團，而不是“AB團”，這嚇出來的“病”才不藥而癒。
雖說心裏有了底，不太害怕了，但紅軍隊伍中的狂殺濫砍仍在繼續。一次邱會作到上級機關送信，回來的路上看到別的部隊在殺“AB團”，為了不讓那些被殺的人喊叫，就用小樹杈子橫在嘴裏，再用繩子綁住，行刑的方法比上次所見更為殘酷，為了節約子彈，要用大石頭把“犯人”砸死，結果腦漿迸裂。見此情景，邱會作嚇得撒腿就跑。多年以後，這一場景仍讓他不寒而慄。以後，雖說打“AB團”活動停止了，但紅軍中相當一部分中下層指戰員被無辜地殺掉了，這使得初建不久還很弱小的紅軍大大傷了元氣。邱會作認為，這場政治大災難，有政治路線錯誤的原因，但一些落後地區農民組成的紅軍隊伍的愚昧，加重了這場殺人風潮的災難性。
長征是1934年10月開始的，其實，如楊尚昆回憶（《楊尚昆回憶錄》，中央文獻出版社2007年版），早在這年4月廣昌失守後，臨時中央就已開始由“禦敵於國門之外”轉向戰略轉移了，但這項準備工作是由博古、李德、周恩來組成的“三人團”秘而不宣地進行着。到了突圍前夕的5、6、7月份，臨時中央又展開三大運動，即突擊“擴紅”、突擊征糧、突擊肅反。其間，邱會作因為參加撤退前的秘密工作，險遭處決。
1934年6月的一天，時任中央蘇區軍事工業局黨總支書記的邱會作被周恩來緊急召見，要他去完成一項特殊任務，把幾處兵工廠、藥品材料廠和幾個倉庫一律炸掉，另外把大量的浮財埋掉，倉庫的東西可以迅速分散，分散不了的就必須毀掉。這些事情要處理得乾乾淨淨，絕對保密，無論如何也不能讓當地人和工人們察覺。要是傳出去，就會動搖根據地軍民的士氣，對鬥爭十分不利。周恩來特別叮囑，對兵工廠的處理可能會比較困難，最好夜間行動。這是最高機密的工作，如有泄密，軍法不容。當時，還有政治保衛局的一個警衛班一起參加任務，說是協助，其實是監視。
完成任務一個月後，第五次反“圍剿”的形勢更為嚴峻，但紅軍內部的肅反也更加嚴厲了。10月初，就在紅軍長征即將開始時，國家保衛局已將邱會作牢牢控制住，寸步不離，因為邱掌握着紅軍的全部實力情況，又知道紅軍轉移前的全部絕密，他們怕邱“開小差”，會給革命帶來重大損失。國家政治保衛局已開會研究過，是否把邱會作“徹底保密”掉（即秘密殺害）。（當時別說國家政治保衛局，就是各部隊的保衛局都可以隨便殺人，多少人就此成為肅反擴大化的刀下冤鬼。）
到了黃昏，突然闖進來幾個人，國家政治保衛局執行部部長張炎和展示了局長鄧發籤署的處決令，然後把邱會作當死刑犯綁了起來。邱連呼冤枉，但沒有用。也是邱命不該絕，就在押往行刑場的路上，正好碰上周恩來、鄧發，還有邱的直接上級、紅軍供給部部長葉季壯。三人騎着馬迎面而來，葉季壯見此情形大吃一驚，立即詢問周恩來怎麼回事。周恩來也有些驚愕，但沒有說話，只是面向鄧發探詢，但鄧發卻向周恩來擠擠眼睛，意思是按老規矩辦。這時，邱會作則死死盯着周恩來。周恩來略加思考後對鄧發說：“他還是個孩子，交給葉季壯帶回去吧！”這樣，才給邱會作鬆了綁，他跟在葉季壯的馬後，一溜煙跑回了供給部。
邱會作在晚年回憶這樁事時，還頗為感慨地寫道：葉季壯一個爭辯，周恩來一道命令，把我的腦袋保留下來了，讓我多活了70年。事後，周恩來帶着邱會作一起參加長征，並交代他要對曾險遭處決一事絕對保密。直到幾年後在瓦窯堡紅軍總部一次聊天時，李克農問鄧發：“長征臨出發前，你為什麼要把邱會作抓住殺掉，難道就是因為他多知道了些機密嗎？要不是周副主席，閻王那裡就多了一個鬼。”鄧發略有羞愧地對邱會作說：“那件事的起因你都知道，幸好沒造成千古之恨！”周恩來聽到這裡，就插進來解釋說：“離開江西之前，殺了一些不該殺的人，當時我們都有責任。沒有殺他，是葉季壯堅決不同意，否則要等殺掉之後才彙報上來，那就晚了。現在大家對亂殺人的事很痛恨，這是我們黨一個最為慘痛的教訓。”後來在延安，周恩來對邱會作提起這件事，還在說：“你當時直盯盯的眼睛望着我，給我的印象很深！”
長征出發前，肅反的步伐加快，邱會作所在的供給部有幾個領導幹部也被殺害了，恐怖氣氛相當厲害。那時國家政治保衛局就是“活閻王殿”，想要誰死是輕而易舉的事。從1930年開始殺“AB團”，到1934年開始自己殺自己，一些所謂“不可靠分子”，如寧都暴動起義過來的紅五軍團的一些幹部，不少都慘遭殺戮，連紅五軍團總指揮季振同都被冤殺了。邱會作可說是僥倖從屠刀下撿回了一條命。
