鑒於疾疫問題對社會的巨大影響，中國古代從很早開始就進行了各種預防和嘗試控制，具體措施主要有6個方面：
1、順應節氣
先秦典籍《禮記･月令》中提到：孟春行秋令，則其民大疫；季春行夏令，則民多疾疫；仲夏行秋令，民殃於疫；孟秋行夏令，民多瘧疾。三國時，曹植在《說疫氣》一文中提到，建安二十二年（217年），癘氣流行，家家有殭屍之痛，室室有號泣之哀。原因在於「陰陽失位，寒暑錯時，是故生疫」。因而，先民們在有所興作時非常重視順應節氣。
2、驅除疫鬼
先秦時期，傳說帝顓頊有三子，生而亡去為鬼，其中一個居江水是為瘟鬼。為此，人們每於疾疫發生時，作法以驅除疫鬼。《周禮･夏官》中所提到的方相氏四狂夫即是專門的驅疫鬼者。此四人身披熊皮，頭帶面具，執戈揚盾，帥百隸逐室毆疫，此即後世儺戲的由來。除此以外，歷代流行的設醮、紙船送瘟神等民俗，也都是驅疫鬼的具體形式，甚至連端午節的龍舟競渡也與驅疫鬼有關。
3、注意公共衛生
儘管人們將疾疫的發生歸因於瘟神作怪或陰陽失序，但與此同時，人們還非常注意疾疫發生與公共衛生之間的關係，重視公共衛生。如南宋真德秀在泉州任職期間，鑒於泉州城內水溝湮閼歲久，「淤泥惡水，停蓄弗流，春秋之交，蒸為癘疫」，乃作《開溝告諸廟祝文》，興工清理溝渠。又如吳芾於幹道二年（1166年）知隆興府，當地「舊有豫章溝，比久湮塞，民病途潦。公曰：『溝洫不通，氣鬱不泄，疫癘所由生也。』亟命疏濬，民得爽塏以居。」（《朱文公文集》卷88《吳公神道碑》）
4、醫生巡診及無償施藥
最早的巡診制度見於先秦時期，《周禮･地官》中有司救一職，其職責就是：「凡歲時有天患民病，則以節巡國中及郊野，而以王命施惠。」此可被視為是中國古代巡診制度的濫觴。《後漢書･光武紀》載：光武帝時，天下疾疫，朝廷乃「遣光祿大夫將太醫巡行疾病」。《後漢書･靈帝紀》載：「建寧四年三月大疫，使中謁者巡行致醫藥。」
到了宋代，對疾疫的治療較之以往各代都更為重視。每當疾疫流行，宋廷多詔命太醫局及翰林醫官前往救治，藥費多由朝廷無償撥付。此外，地方上一旦發生疾疫，各地官員也多方措置，極力救治，廣為施醫散葯。除了派出醫生巡診之外，從中央到地方還廣泛設有惠民藥局和其他一些地方性藥局，平時以平價售葯為主，疾疫流行時，則無償施藥以濟民疫。
5、病人隔離
對於疾疫的傳染性問題，先秦以前，還不大瞭解。自東漢以後，開始有了隔離病人的記載，顯示人們已經開始重視流行病的傳染性問題。「元始二年，旱蝗，民疾疫者，舍空邸第，為置醫藥」（《漢書･平帝紀》）。此可視為對病人實行隔離措施的最早記錄。至遲到晉朝，則已成為制度。蕭齊時，太子長懋等人曾設立了專門的病人隔離機構——六疾館，以隔離收治患病之人（《南朝齊會要･民政》）。唐代則是由僧人開設乞丐養病坊，以隔離收治病患者。
從宋代開始，出現大量官辦養病機構，都有隔離病患的作用。較著名者如熙寧九年（1076年）趙卨在越州所創之病坊，其起因是：當年春天，越州「大疫，為病坊，處疾病」（《元豐類稿》卷19《越州趙公救災記》）。此後不久，蘇軾於元佑四年（1089年）在杭州設立「安樂坊」，養病機構有了進一步發展（《長編》卷435）。北宋末年以後，各地廣泛設置安濟坊，以專門隔離病患者，效果顯著。此後，元、明、清三代，官方設置的醫療機構除了藥局外，其他則漸呈萎縮局面。不過，由於民間慈善機構的大量興起，對於疾疫的控制方面仍較有效。
6、處理屍體
屍體是病毒和細菌藉以大量繁殖的最主要載體，處理屍體，即是切斷疾疫流行的一個重要管道。據《周禮》所載，從先秦時期開始，就有了處理無主屍體的做法。此後，凡遇大疫，官府一般都有掩埋死者屍體的做法。如南朝梁武帝時，郢城大疫，全城十餘萬口，「死者十七八」。朝廷遂命給死者賜棺器盛殮，以防止疾疫傳染（《南史･梁武帝紀》）。這方面仍以宋朝處理得較好。
在宋代，官方每於災害過後招募僧人掩埋屍體，以度牒為獎勵。如嘉定元年（1208年），江淮一帶大疫，官府遂招募志願者，凡掩埋屍體達200人者則給度牒一道作為獎勵（《宋史･五行志》）。此外，從北宋末年開始，各地普遍設立漏澤園制度，以掩埋因貧困無以安葬的無主屍體。宋代以後，各地均效仿這一制度，普遍建立漏澤園，從而減少了由屍體繁殖傳染病毒細菌的機會。
治療疾疫的藥方
至於治療疾疫的藥物，除了專業醫書所載的藥方之外，散見於古代文集筆記之中的驗方、偏方尚有不少，其中不少藥方值得後人認真總結和繼承。 如蘇軾在《與王敏仲書》中提到治療瘴疫方為：「用薑、蔥、豉三物，濃煮熱呷，無不效者。」
《宋史･外國･吐蕃》中提到北宋景德三年（1006年），六穀吐蕃的鐸督部族發生疾疫，宋廷提供的治疫藥物為白龍腦、犀角、硫磺、安息香、白石英等76種。沈括《夢溪筆談》中記載的一則事例，所用治疫藥物為柏葉，頗有神奇之效。《靖康紀聞》中記載的治疫藥方為黑豆湯，其方為：「黑豆二錢（令炒香熟）、甘草二寸（炒黃色），右二味以水二煎一盞，時時服之自愈。」
元人筆記《輟耕錄》中記載：元朝初年時，元軍發生疾疫，以大黃療治，所活近萬人，效果亦極顯著。
