潘漢年被捕入獄是在1955年，他和陳毅率上海代表團到北京參加黨代會期間。毛澤東在會上針對高崗，饒漱石反黨集團的問題作了專門發言，意思是號召黨員向党交心，無論在歷史上有什麼問題，只要對党講清楚，就能得到寬容和諒解。主動找領導談或會後寫材料都可以，否則罪加三等。潘漢年4月2日向陳毅報告，聲稱他于1943年曾在南京與汪精衛單獨會面，此事由於種種原因，他一直沒有向毛澤東彙報。
陳於4月2日晚即向毛報告，4月3日潘遭毛下令秘密逮捕。63年2月送北京市公安局團和勞改農場，1963年6月因內奸罪判刑15年。67年3月文革後再回秦城監獄。75年5月離京，送湖南省第三勞改農場。1976年1月被正式宣判無期徒刑，1977年4月14日因病逝世。
潘在秘密關押後所受待遇並不差，他被帶到公安部看守所功德林監獄，住的是15平方米的單人間，有沙發床，桌椅，地毯，抽水馬桶，洗漱設備，還有暖氣。非但設備良好，伙食也相當不錯。他日常所做的就是交待問題寫材料，甚至可以寫詩。由於是秘密逮捕，在黨內沒有被公開，他的消失都不為人知，親朋同事都認為他是去執行任務。相比高饒，胡風反革命集團成員，潘的待遇簡直與之有天壤之別。
人間蒸發了7年之久，直到1962年1月13日，毛才在中央工作擴大會議上提起，“有個潘漢年，此人當過上海副市長，過去秘密投降了國民黨，是個CC派人物，現在關在班房裡頭，我們沒有殺他。像潘漢年這樣的人，只要殺一個，殺戒一開，類似的人都得殺。” 總算給潘的事情定了性，63年6月被正式定性為“內奸”罪判刑15年，但是判刑後不久他就被假釋，安排到北京田河農場勞動，可以與妻子同住。兩人不但可以種花釣魚，還被允許到城裡探親訪友，實際上已經解禁。
文革中他重回秦城，實際上等於保護，以他問題的性質，留在外面必死無疑。他雖遭到一定衝擊，被突擊反復審查40多次，由於他的交待內容大同小異，沒遇到太大麻煩，基本算是順利過關。江青雖對他們夫婦很是整治了一番，因為潘不但認識江清，妻子董慧還是江的抗大同學，並且當年關係還不太好，但與潘所犯罪名無關。後來，江也只在他內奸的帽子上加了頂“右傾機會主義份子”，無關痛癢的帽子。稍後據稱確診肝癌，又被保護了起來。
1975年潘離開北京秦城監獄，夫妻兩人發配湖南勞改農場，實際上已部份解除監禁。當時潘改名“肖淑安”，名義是監督勞動，實質享受高幹待遇。因為兩人身體有病，年事已高，農場很照顧。潘無公民權，不得離開當地，但其妻可以走動，還可以寫信。他被允許到省城看病，生活待遇極好。毛死後他被允許參加當地的追悼會，可以看毛去世的電視直播。
1976年粉碎“四人幫”，次年潘漢年病故，終年71歲。死因是囊肝及消化道出血、慢性支氣管炎、肺氣腫等老人病發作，並非肝癌。董慧79年因高血壓引發腦溢血病故。1982年潘漢年案平反，次年夫婦的骨灰移北京八寶山革命公墓安放。
經本人研究，潘漢年並非聽了毛的講話，受到巨大壓力，主動交待1943年單獨會見汪精衛的問題。他在未到北京前，已經深思熟慮，打定主意爭取主動。目的是期望毛看在他多年功勞的份上，放他和家人一馬。單獨會見汪精衛也是他精心選定的彙報內容。他對毛太瞭解，知道這是他的心病。
中央剛處理高饒問題，潘漢年與饒漱石的關係非同一般。會上印發關於饒漱石、楊帆在上海“重用包庇和掩護反革命分子”的材料，反革命份子指的是胡均鶴，他於1954年9月被捕。饒當時已被開除黨籍逮補法辦，楊帆同年12月31送北京關押，隔離審查。胡均鶴等人的重用，雖算在饒漱石頭上，但實際是潘漢年拍板。他是上海市公安政法的實際領導人，楊帆的頂頭上司。
毛向党交心無疑是暗示，引蛇出洞是毛的老套路。潘漢年知道不採取最後行動，毛很快要對他動手。最後時刻到了，會後他迅速找了陳毅將事情和盤托出。陳聽完後當天晚上，即到毛住處報告，淩晨潘漢年就被秘密逮補。抓他的是毛的大內總管羅瑞卿，得到黨的諒解，又是一場毛的陽謀。潘漢年當年會見汪精衛，打的就是毛澤東是汪門生故舊旗號，完全是毛的授意，否則根本不可能見到汪。
毛和汪可算老相識，1925年第一次國共合作時期，在廣州毛就是汪的秘書，深受汪的提攜和關照。毛在汪面前一直執弟子禮，每稱汪是其恩師。汪亦非常欣賞毛的才華，因汪舉薦毛接替了汪,國民黨中央宣傳部代部長一職。
潘代毛轉達了對汪的敬意，可惜汪精衛並沒有與中共合作的意思，拖到1942年9月，潘才在李士群的幫助下，臨時受到汪的接見，陪同者還有那個後來的“反革命份子”胡均鶴，他是談判方汪偽的代表。與汪的談判不順利，汪對中共並不信任，甚至明確表示不願聯合中共，共同打擊國民黨。
最後，中共通過與日方的交涉，才達成與日偽合作，雙方聯合對蔣的默契。1943年，潘受毛委派，再次帶著中共的正式協議文件，展開與日方崗村寧次，還有南京汪偽方面的談判。目的是共同對付國民政府，打擊其軍事力量，雙方制定互不侵犯協定。
潘坦白1943年單獨見汪精衛一事，頗費了一番心計。參予當年談判的饒漱石，楊帆已經拘捕，如兩人透露毛聯日偽反蔣的歷史，當然是必死無疑。潘聲稱單獨會見汪精衛，自己沒有告知毛澤東，意圖是證明毛並不知曉此事，實際變相為毛開脫，撇清了毛與敵偽合作的嫌疑，潘承擔了汪偽談判的責任。況且，當年談判的主要人物，汪精衛44年病故，李士群43年遭日方毒殺，潘汪見面之事，已無直接當事人。
雖然鎮壓反革命時，抓捕到上海提籃橋的國民黨敵偽人員，交待了有關潘漢年在1942年曾經會晤汪精衛，但這些人並不知道談判詳情。況且，上海負責鎮壓反革命工作的就是潘，部份知道內情者，他早已安排掉。只要沒人拿得出當時談判內容的證據，他單獨會見汪精衛，具體目的也是查無可查。
潘漢年主動找陳毅彙報，也是有選擇的。要是去找周恩來，康生等，他必無好下場。以當時高饒案的形勢，潘的交待會被作為揭發材料，直接報到毛那裡，他肯定會被打成高饒集團成員。找陳毅坦白，一來是表明態度，經過激烈的思想鬥爭，主動響應主席的號召；二來是利用陳作為自己的證人，由陳去向毛說明，讓陳有邀功的機會；三是陳與饒素來不和，他在華東新四軍時飽受饒的打壓，只要與饒有關陳必然向毛彙報；四是陳在中央蘇區為爭權打擊過毛，後者得勢後，陳怕遭毛報復，潘的事情他肯定不敢壓下來。
4月3日淩晨，羅瑞卿就將穿著睡衣的潘從北京飯店帶走，並且宣佈就地逮捕。由於事出突然，連警衛員都不知道潘的去向，從此人間蒸發好幾年。事實證明毛早已做好準備，潘稍有差池，主動彙報晚一點，必會惹來殺身之禍。
他被關押後所寫材料內容大同小異，他始終沒亂寫一個字，亂說一句話，以此向毛表明心跡。幾年後，毛處對他的表現滿意，於是他很快獲得假釋。以他問題的性質，本來不可能得到釋放。要不是文革發生，他的問題很可能得到解決，甚至出來工作。毛不想太得罪情報系統方面的人，李克農在潘被捕後，隨即開出了確鑿的證明，力證潘的清白。
一，中央一再有打入敵偽組織、利用漢奸、叛徒、特務進行情報工作的指示；二，潘漢年利用袁殊、胡均鶴、李士群等都有正式報告；三，是他提供了決策情報，其中包括德國進攻蘇聯時間的準確情報等；四，組織機密一直未被洩露，直到上海解放；五，潘漢年所屬的重要關係，當時還正在起著絕密的現實作用，這是毛主席、周恩來所知道的。潘的很多老同事，老部下，甚至陳雲得知潘的情況後，都願意作證以還潘之清白。
62年中央對潘漢年案進行審判，最高人民法院刑庭庭長曾漢周、最高人民法院刑事審判庭審判組組長丁汾，助理審判員彭樹華三人組成合議庭審理此案。當時三人就對潘漢年的主要指控，國共談判中投降國民黨，投靠日本特務機關，與汪偽勾結，包庇反革命，向臺灣提供情報，都提出了質疑。
三人向最高人民法院副院長吳德峰彙報，最後向延安五老之一，最高法院院長謝覺哉提出異議。謝挑明說：“潘漢年案是很複雜的，涉及中央許多重大機密，直接領導潘漢年的是周總理和康生，許多事情毛主席也是知道的，對潘漢年的處理，是黨中央定的。毛主席早有指示不判死刑。人不殺，就好辦了，是非功過，總有一天會弄清白的。” 謝甚至談到宋代的岳飛被害，秦檜罪在不赦，而真正的罪魁禍首，卻是宋高宗趙構。
潘這樣對革命立下大功的人，關押七年之久後才走法律程序，謝覺哉連“莫須有”的話都說出來了，可見黨內同情潘的不在少數。潘的事情很多人心裡一清二楚，他知道的事情太多，掌握毛的機密太多。毛知道不給潘留一條生路，勢必無形中得罪了一批人。另外，毛實際上與潘私交也不錯，潘本就是毛的人，毛一直以前都是單獨給潘佈置任務，從沒有第三者在場。潘的情報工作非常出色，深得毛的信任和讚賞。
毛在七次黨代會及很多公開場合，多次高度表揚潘的工作成績。毛在人前人後也是“小開長，小開短”，“小開”是潘的外號。基於潘幾年來的表現，毛還是願意留他一條命。作為一個為革命做出傑出貢獻，立過蓋世奇功的革命家，死前都頂著個內奸的帽子。他早已知道自己必有此下場，曾多次對部下說，幹情報工作的人多數不會有好下場，中國外國都一樣。
彭德懷在1940年9-12月，發動“百團大戰”，原本組織的只是20個團規模的交通破襲戰。後來很多地方部隊自發參加，原計劃作戰1個月，最後各根據地總共進行了近半年之久。據黨史資料，百團大戰大規模破壞了日偽在華北的交通補給線，八路軍參戰約20多萬人，傷亡17000人。進行大小戰鬥1824次，擊斃傷日偽軍25000餘人，俘日偽軍2000多人。除榆次外並未攻克日偽據點，拔除就更談不上了。八路軍戰後統計，得知參戰部隊竟有20多萬人，為了擴大宣傳影響，參謀長左權提出了“百團大戰”的名稱，對外宣傳起到了很好的效果，全國人民為之歡心鼓舞。
正如1942年2-7月，華北會議毛批彭的內容所言，他的軍事行動，過早地暴露了實力，使得日蔣聯合起來對付中共。因為，彭無意間使本來一場達到戰術目的的作戰，變成起戰略作用的大戰役。毛澤東在1937年8月下旬，在中共洛川會議上，就已經制定了對日作戰的原則，“中日之戰是本黨發展的絕好機會，我們決定的政策是百分之七十是發展自己，百分之二十為妥協，百分之十對日作戰。”彭對此不以為然，他到死都認為百團大戰沒有錯，毛是故意整他。
應該說百團大戰是彭未經請示貿然發動的，雖然在宣傳上起到一定效果，但按當時的實際情況發展下去，中共部隊在日偽蔣的聯合打壓下，完全有被消滅的可能。那就更談不上後來的解放戰爭了，這就是毛後來反復說要感謝日本人，幫助中共奪取的政權，甚至不要日本賠款的由來。彭德怀只是一介武夫，職業軍人出身，不懂政治卻每每干預政治，這種人從歷史上看都不會有好下場。
蔣發現八路軍居然已有了上百個團的兵力，立刻停止中共的軍器輜重，財經物資，後勤彈藥補給。日軍歷來視華北為其戰略大後方，由於彭德懷貿然發動的破襲戰，日軍很快制定了反制八路軍的措施。日軍在華北進行了多次所謂強化治安運動，對冀中反復掃蕩，製造千里無人區。山東方面日軍進行了四次鐵壁合圍，華中地區加強了針對新四軍的清鄉活動。
兩年多的時間，中共實際控制區域喪失大半，部隊減員三分之一以上。多數根據地經濟基礎被摧毀，平漢鐵路連線附近八路軍基本被消滅。1941年秋，八路軍已無能力作戰，甚至在根據地都不能有效展開群眾工作。1942年開始已經完全沒有能力發起針對日軍的進攻，只能消極避戰保存實力。
從當時的情況看，與日偽的合作不失為，扭轉中共被動局面的辦法，戰爭的法則就是此消彼長。1942年，毛派潘漢年作為中國的正式代表，多次通過李士群的關係，與日軍崗村甯次及汪偽政權談判。李士群原是共產黨，曾在上海從事地下工作，還做過周恩來的衛士，後被捕叛變。經他介紹，潘得以會見日本華中派遣軍謀略課長都甲大佐。
日本軍方與中共代表各自表明立場，並且達成合作共識。新四軍與日軍和平共存，互不侵犯，聯合對付國民黨軍事力量。日軍要求新四軍不得破壞津浦路以南，日軍運輸交通補給線，作為回報日軍減少強化治安的清鄉活動，不進攻新四軍的根據地，並給於新四軍一定的發展空間。
1943年，潘作為中共代表，帶備正式協議，與新四軍政委饒漱石，情報部長楊帆等，到南京與崗村甯次代表，進行正式談判。1941年日本偷襲珍珠港，太平洋戰爭爆發，日本加入軸心國與同盟國對抗，英美已經對日宣戰。日軍放棄北進政策，南進東南亞戰場，日軍急需投入大量兵力，急於從壓力較小的中國戰場，抽調40萬兵力南下，使得中國關內戰場上的總兵力，從114萬人減少到70萬人以下。
為了牽制國民黨軍主力，亦忌憚中共方面的幾十萬兵力，日方與共產黨方面達成最大默契。雙方互不侵犯，共同對付國民黨軍隊，這就是後來所謂抗戰中後期，國共軍隊互相摩擦的由來。1943年春天開始，日軍與中共軍隊再未發生過聯隊級的衝突，雙方相安無事，中共部隊不對日軍展開正面進攻，轉而與國軍發生磨擦。當時，促成此事的最大功臣就是潘漢年。
正是由於他55年的正確決定，看穿毛的意圖，主動承擔責任，自投羅網，才使他保住了性命，基本上算是得以善終，得到了比劉林賀彭等好得多的下場。1982年8月23日，中共中央發出了《關於為潘漢年同志平反昭雪恢復名譽的通知》的紅頭文件，文件指出：「潘漢年同志幾十年的革命實踐充分說明，他是一個堅定的馬克思主義者，卓越的無產階級革命戰士，久經考驗的優秀共產黨員，在政治上對黨忠誠，為黨和人民的事業作出了重要貢獻」，為其公開恢復名譽。此時，離他去世已經五年。
（部份参考资料）
潘漢年饒漱石根據毛澤東的命令派去和日軍與汪精衞談判的代表，而胡均鶴則是前日佔區和汪精衞的談判代表。---以上出自，王明，《中共五十年》，東方出版社，2004年3月，190-192页
「日本都甲大佐說，清鄉的目的是為了強化治安。日本方面目前最關心的是津浦線南段的運輸安全。只要新四軍不破壞這一段的鐵路交通，日方則希望和新四軍有一個緩衞地帶。潘漢年說，新四軍的發展很快，目前正在穩步地鞏固和擴大農村根據地，也無意立即佔領鐵路交通線和其他交通據點。日軍要給新四軍一定生存條件，否則游擊隊就會隨時破壞鐵路交通的。」，出自《潘漢年的情報生涯》，人民出版社1996年9月版，161頁
毛澤東一九三七年九月對赴山西作戰的八路軍第一一五師獨立團團長楊成武指示「中日之戰是本黨發展的絕好機會，我們決定的政策是百分之七十是發展自己，百分之二十為妥協，百分之十對日作戰。」此指示出自，該年八月下旬中共洛川會議秘密決定。
潘漢年要求日本岩井提供在上海的安全保證，條件是潘系情報人員「繼續為『岩井公館』搜集中國內地和大後方的情報。」岩井當即答覆「我們歡迎胡先生（潘汉年）繼續與我們合作。就請胡先生給我們擬一份在上海開展工作的計劃，我們仍將在經費上給予必要的支持。」第二天就以自己的名字在匯中飯店租房供潘專用，還出具了駐上海日本總領館簽發的特別證件，不許日本軍、警、憲、特對持證人「有所查詢」。中共人員享有特權在敵占區搞情報工作。在岩井的引介下，日本駐華特務總頭目影佐禎昭中將也在「六三花園」宴請了潘漢年。出自柯興著《魂歸京都――關露傳》
1955年4月29日，李克農向中央政治局和書記處寫了正式報告。報告提出了有力的五大反證：
一、中央一再有打入敵偽組織、利用漢奸、叛徒、特務進行情報工作的指示。
二、潘漢年利用袁殊、胡均鶴、李士群等都有正式報告。
三、是他提供了決策情報，其中包括德國進攻蘇聯時間的準確情報等。
四、組織機密一直未被泄露，直到上海解放。
五、潘漢年所屬的重要關係，當時還正在起着絕密的現實作用，這是毛主席、周總理所知道的。
毛汪信件副本
汪主席兆铭先生：（注：汪精卫）
近安！
自民国十三年广州一别来，距今已有十八年整矣！民国十三年国民党一大时，润之承蒙汪主席提携，以布衣之身虚添中央宣传部长之职，先后多次聆听汪主席教诲，让润之受益终身。
遥想庚戌年岁（1910年），汪主席不惜以身犯险，只身刺杀满清摄政伪王载丰。虽说功败垂成，但是汪主席“慷慨歌燕市，从容作楚囚；引刀成一快，不负少年头”之为革命献身之豪迈，却鼓舞了众多仁人志士为国捐躯之勇气。当时年仅弱冠的润之，拜读此诗时，兆铭先生的冲天豪气，让润之膜拜不已。所以次年辛亥岁，武昌起义之偶然成功，终将数千年奴役中华的封建独裁体制，扔进了历史垃圾堆，这其实应归功于兆铭先生前年的光辉榜样。然兆铭先生恢复自由后，并未持功贪恋权位，而是游学欧洲寻求建国大计。中山先生驾鹤西游后，汪主席主政中央，率军北伐成功，一统中华。
惜与蒋委员长政见不一，蒋委员长因疑，苏俄蚕食中华之野心，毅然清党。汪主席再次出游，寻求救国之良方。润之不才，竟然以区区数百之农夫与蒋委员长逐鹿中原。后因日寇入侵，润之和蒋委员长何归于好，共御外敌。
而汪主席不惜自身声名，效法程婴存赵之举，甘冒让世人和历史污赠汉奸之名。前往沦陷区组织政府，服务人民，试图以和平建国运动，图谋保存中华之血脉。其勇气比舍身刺杀载丰，更可钦佩。不论是润之的敌后抗战、还是蒋委员长的正面血拼，或者汪主席的和平建国运动。我们的目的只有一个就是保存中华血脉之传承。可谓是殊途同归。
今我项英部，因听命于苏俄，致使蒋委员长误会，造成兄弟阋墙，让中华国防力量白白流失。为防止此类事件再次发生，我部将移防苏北，中间如有和汪主席的和平军有粗误之处，还望汪主席敕令部署，互不侵害。勿使中华国防力量流失。另我部医药奇缺，望汪主席有所周济。
润之
民国31年暮春、于延安拜上！
此信由我党潘汉年亲呈，此人忠信欠缺，看后请立毁此信！切记！切记！
